Como é comum nos maciços carsificados, e apesar da elevada precipitação registada, praticamente não se verifica escoamento superficial no Maciço de Sicó. Apenas o rio dos Mouros que drena a ampla depressão do Rabaçal, aberta nos calcários margosos liásicos, percorre durante parte do inverno o sector setentrional do afloramento calcário onde, aliás, escava um pequeno mas imponente canhão cársico. De facto, a maior parte da água que cai no maciço entra rapidamente no seu interior através de algares, de lapiás e, de um modo geral, do conjunto de fendas abertas na superfície calcária, para percorrer a rede subterrânea e sair nos sectores marginais mais baixos, através de exsurgências bem localizadas e mais ou menos espectaculares. Destas, as mais interessantes são, talvez, a de Alcabideque que drena os calcários dolomíticos do sector oriental e, no sistema cársico principal – aquele que diz respeito aos calcários do Dogger – as exsurgências da Arrifana, do Ourão e dos Olhos de Água do Anços. Ainda que de forma grosseira, calcula-se que no conjunto deste sistema deverão circular cerca de 150 milhões de metros cúbicos por ano, dos quais cerca de 80 milhões serão drenados pelo conjunto de exsurgências do vale do Anços, o mais importante sub-sistema de toda a área.

Os aquíferos subterrâneos do maciço, já hoje utilizados no abastecimento público, deveriam ser entendidos como reserva de água essencial para o futuro e, como tal, preservados. Pelo contrário, estão fortemente ameaçados por falta de saneamento básico, estabulação de gado bovino e utilização de algares como vazadouros de lixo e cemitérios de animais.

Sujeita a rápida infiltração e elevada velocidade de escoamento, a água que, sob pressão ou apenas sob a acção da gravidade, circula em condutas mais ou menos amplas, embora sofra decantações sucessivas, não passa por nenhum processo eficaz de filtragem natural desde a sua entrada nas fendas lapiares e nos algares até ŕ sua saída nas exsurgências. Daí a necessidade – experimentada pelas pessoas que têm vindo a desenvolver trabalho científico na área bem como por professores, associações ambientalistas, grupos de espeleólogos, autarcas e associações de desenvolvimento local e pelas próprias populações – de tentar controlar a situação actualmente existente, promovendo a educação ambiental e condicionando as eventuais actividades económicas a desenvolver na área.

Embora seja difícil apontar um número exacto ou sequer aproximado, calcula-se que no Maciço de Sicó estejam reconhecidas duas a três centenas de cavidades subterrâneas, de desigual dimensão e interesse espeleológico. Com efeito, se excluirmos a recentemente descoberta gruta das Taliscas pertencente aos sistema hidrológico dos Olhos do Dueça do qual já terão sido explorados mais de 3000 metros de galerias, trata-se, em geral, de pequenas lapas (até 200 m) ou de algares quase sempre obstruídos, registando-se a profundidade máxima de 75 metros no Algar das Quintas.